Indossate le serafiche lane il 13 dicembre 1631 e cambiato il nome di Filippo con quello di Fra Bernardo, potè dirsi appagato il suo desiderio di tranquillità e di solitudine. Fin d'allora si diede con animo risoluto ad affrontare le austerità del noviziato per spogliarsi completamente dell'uomo vecchio e incominciare nella religione cappuccina una vita nuova di penitenza e di santità.
La sua totale sottomissione alla volontà dei Superiori e la mortificazione che gli infliggeva il maestro, finirono per domare il suo carattere, rendendolo docile e remissivo, indirizzandolo verso le altezze della preghiera e della contemplazione nei mistici slanci di unione con Dio.
Soffrì molte tentazioni e scoraggiamenti da parte della propria natura e dello spirito maligno, che gli compariva spesso; ma seppe superarli bravamente con la fiducia nel Signore e con le dure penitenze che inflisse al suo corpo, che chiamava fratello asino.
La forma di vita ascetica intrapresa risolutamente nel noviziato che si compendiò e nel trinomio: preghiera, mortificazione, ubbidienza, fu regola costante di tutta la sua carriera religiosa trascorsa nei diversi conventi della Provincia monastica, dove veniva destinato nei cambiamenti capitolari.
E vi si attenne fedelmente sino alla morte con un crescendo eroico, lasciando per ogni dove fulgidi esempi di maschie virtù, che ne fecero un vero seguace del Poverello di Assisi.